La chiesa ha origini molto antiche. Attorno alla basilica di Santa Maria Maggiore sorsero molte chiese, tra cui, come attesta una lapide del 491, un Titulus Praxedis. Questo fa riferimento alle vicende della famiglia del senatore Pudente (I secolo d.C.), che la tradizione enuclea tra le prime persone convertite a Roma dall’apostolo Paolo; con Pudente si convertirono al cristianesimo anche le figlie Pudenziana e Prassede. L’intera famiglia subì il martirio ed i loro corpi furono deposti nelle catacombe di Priscilla, sulla via Nomentana.
Il Titulus Praxedis sorse nella casa di proprietà di Prassede, la quale soleva nascondervi i cristiani perseguitati: la tradizione racconta che la santa raccoglieva con una spugna il sangue versato dai martiri per versarlo in un pozzo.
Il Liber Pontificalis ci informa che papa Adriano I verso l’anno 780 rinnovò completamente ciò che restava del Titulus Praxedis. La chiesa attuale invece si deve al rifacimento operato da papa Pasquale I nell’817, che costruì un nuovo edificio sacro al posto del precedente, ormai fatiscente.
La nuova chiesa era destinata ad accogliere le ossa dei martiri sepolti nel cimitero di Priscilla. Durante la visita potremo ammirare lo straordinario Sacello di San Zenone, oratorio eretto da papa Pasquale I (IX sec.) come sacello funerario per la madre Teodora. Fu dedicato al martire romano Zenone, di cui si conosce ben poco, se non il fatto che le sue spoglie riposano in questa cappella, trasportate al tempo di papa Pasquale. Esso rappresenta uno tra i più preziosi documenti dell’arte bizantina a Roma: infatti l’intero sacello è completamente ricoperto di mosaici in stile bizantino.
In una minuscola cappella a destra del sacello di San Zenone si venera una colonna alta circa 63 cm. e con un diametro del fusto variabile. Particolarmente prezioso e raro il materiale: granito a grandi grani bianchi, alcuni dei quali quasi rosati, e cristalli neri oblunghi. La colonna fu portata a Roma da Gerusalemme nel 1223 dal cardinale Giovanni Colonna, condottiero della sesta crociata, che la fece collocare nella basilica di cui era titolare nel sacello di San Zenone, dove rimase fino al 1699, quando monsignor Ciriaco Lancetta, uditore della Rota, la fece spostare nel luogo attuale.
La tradizione vuole che si tratti della colonna a cui Gesù fu legato per subire la flagellazione, come si può vedere anche in due affreschi della stessa basilica.
